בשנת 1932 חבורה של ליטוואקים יסדה אגודה שיתופית בארץ ישראל במטרתה לעזור לחבריה ועולים אחרים, שבאו מליטא, לטעת שורשים בארצם החדשה. מרביתם היו חלוצים, שעברו בליטא הכשרה והכנה לעליה במסגרות הכשרה שונות, שנקראו קיבוץ. בזמן ההכשרה הם רכשו כישורים שנועדו לסייע להם בחייהם בארצם החדשה-ישנה. חלקם הגיעו ארצה באופן לגאלי עם רישיונות עליה, סרטיפיקטים, מטעם השלטון הבריטי וחלקם הגיעו באופן בלתי לגאלי. האיגוד וחבריו שמרו על קשר הדוק עם בני המשפחה והחברים שנשארו בליטא.

פעילות האיגוד התרחבה וקבלה תפנית עם סיום מלחמת העולם השנייה, כאשר גלי העלייה מאירופה, ובהם אלפי עולים מליטא, החלו לזרום לארץ. רבים הגיעו חסרי כל והזדקקו לסיוע מיידי בהשגת קורת גג, עבודה ביגוד וכל היתר. חברי האיגוד תמכו ועזרו לכל הליטוואקים שפנו אליהם. אחד המפעלים היה הקמת שכונת מגורים "שיכון ליטאים" ברמת השרון, בזכות בטחונות להלוואות לרכישת קרקעות ובניית הבתים.

איגוד יוצאי ליטא שילב בין פעילות שוטפת לבין מחקר היסטורי; הוצאה לאור של ארבעה כרכים עבי קרס – "יהדות ליטא", ספרי "יזכור" של קהילות רבות בליטא, ספר "הדיוויזיה הליטאית ה-16 בצבא האדום במלחמת עולם השנייה". בין השנים 1969-2015 יצא לאור שנתון של איגוד בשם "גחלת". פעילות האיגוד קבלה דחיפה גדולה בשנים 1960-1970, תחת ניהולו של יו"ר יעקב אולייסקי, והגיעה לשיאה עם הגעת זרם העולים מליטא בשנות ה-70 המוקדמות, כאשר האיגוד נרתם לסייע בקליטת העולים במדינה. בתקופה זו התרחב היקף הסיוע הכספי שניתן ע"י האיגוד- מלגות לתלמידים וסטודנטים יוצאי ליטא.

משנות ה-80 הושם דגש על פעילות בתחומים של הנצחה ותרבות. כמו;

• יסוד הארכיון של איגוד יוצאי ליטא שבשנים האחרונות הועבר אל מכון גולדשטין- גורן באוניברסיטת תל-אביב.
• הקמת יד זיכרון לקורבנות השואה בליטא בבית עלמין נחלת יצחק בתל-אביב.
• מדי שנה מתקיימת עצרת זיכרון ביום הזיכרון לשואה ולגבורה בכ"ז בניסן.
• קיום עצרת זיכרון שנתית לזכר קורבנות האקציה הגדולה בגטו קובנה ב-28 באוקטובר 1941. בשנים האחרונות גם לזכר קורבנות אקציה מקבילה בגטו שאוולי.

פעילויות אלה ממשיכות להתקיים כחלק מהמורשת שלנו כמו גם פעילות חברתית –קהילתי לציון יום הניצחון על הגרמנייה הנאצית ומפגשים נוספים.

בשנת 2015 נבחרה הנהלה חדשה בראשות היו"ר אריה בן-ארי (גרודזנסקי) המסמלת העברת המנהיגות של האיגוד ליד דור חדש, דר המשך, של עולי שנות ה-70. זו תקופה של יצירת קשרים עם הקהילה היהודית בליטא, יצירת יחסים של קשרי עבודה שוטפים עם שגרירות ליטא בישראל.

בשנת 2019 התקיים אירוע מרשים בליטא לציון 75 שנים לחיסול גטאות קובנו ושאוולי Kaunas & Siauliai בהשתתפות משלחת מישראל שכללה ניצולי גטאות ובני הדור השני של הניצולים.

ביום השואה הבינלאומי 17-18 באפריל 2023 משלחת של קרוב ל 40 חברי איגוד, כליש מתוכם בני דור המשך שנולדו בארץ או עלו בגיל צעיר, השתפו בטקסי אזכרה וזיכרון בשני מקומות של רצח המוני בליטא אליטוס Alytus וזאראסיי Zarasai שאורגנו ע"י איגוד יוצאי ליטא, בהשתתפו השלטונות המקומיים והקהילה היהודי בליטא.
איגוד מקפיד לשמור על קשר עם חבריו באמצעו דואר אלקטרוני; לעדכן בנושים הקשורים לפעילותו ובנושאים הקשורים ליהדות ליטא.