ביום הזיכרון לשואה ולגבורה, שמצויין בישראל בכ"ז בניסן ומוקדש לזכר השואה שהמיטו הנאצים ועוזריהם על העם היהודי, ולזכר הגבורה היהודית באותה תקופה, איגוד יוצאי ליטא בישראל מקיים טקס אזכרה למרגלות האנדרטה לזכר יהודי ליטא שנספו בשואה, בבית העלמין "נחלת יצחק".

מדי שנה בשבוע של חג חנוכה מתקיים מפגש חברתי קהילתי של חברי איגוד יוצאי ליטא בישראל.

28 באוקטובר נקבע כיום הזיכרון ליהודי ליטא שנרצחו בשואה.

מדי שנה בתאריך זה, או בסמוך לו (בהתאם ללוח שנה) איגוד יוצאי ליטא בישראל מקיים עצרת זיכרון לזכר האירועים שהתקיימו ביום זה ולזכר יהודי ליטא שנרצחו בשואה.